USDA负责管理美国有机产品的立法、认证认可、处罚和国际合作，具体由其农产品市场司（Agricaltural Marketing Service，AMS）下设的NOP负责，内设三个处：标准处、认可和国际合作处、监督处，分别负责机构批准（认可）、投诉处理、案件调查、实施处罚、市场监测、法规、标准、投入物质列表（National List）的修订、法规标准的解释等。
USDA下设的国家有机标准理事会（National Organic Standard Board，NOSB）负责对有机标准的制定和修订提出建议。NOSB由15名成员组成：4名农场主代表、3名环保专家、3名消费者代表、2名加工者代表、1名零售商代表、1名科学家（生态学、化学、毒理学）代表和1名USDA认可机构的代表。NOSB下设6个分理事会：种植作物分理事会、畜禽分理事会、有机操作分理事会、投入物质管理分理事会、认证认可和合格评定分理事会、政策建议分理事会。